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沖縄本島から約400kmのはるか東の海上に位置する。世界的にも希少な、環礁が隆起してできた離水環礁[りすいかんしょう]の島。大東諸島では最も大きい面積約30平方kmの島。沖縄では6番目に大きい。大陸とつながった歴史がないため植生も独特で、こうした珍しい自然が最大のみどころといえる。島の歴史は開拓移民が入って以来のわずか約100年。60年ほど前までは製糖会社の管理下にあり、今も南大東島シュガートレインの跡が残る。島の中心は役場や南大東地方気象台のある在所集落。
隆起サンゴ礁でできた南大東島には約120の鍾乳洞があり、星野洞はなかでも最大規模のもの。全長375mの洞内には見学通路や照明が整備され、およそ3300平方mの大ホールを含む変化に富んだ地形を観察できる。日本一長いという1.7mのソーダ・ストロー(鍾乳管)は別のホールにあり、通常は見られない。
南大東島の中央部には日本最大のカルスト湖沼群があり、石灰岩の炭酸カルシウムが溶けてできた湖沼が多く点在している。面積約40万平方mの大池はその中でも最大の淡水池。大池の北岸には、本来は汽水域にできるオヒルギの群落(マングローブの構成種)が見られ、島がまだ環礁だったころの名残と考えられている。内陸封鎖型のマングローブとして世界的にも珍しく、国の天然記念物に指定されている。
