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代官屋敷と教会の2つの建物遺構が見られる
長崎市立桜町小学校敷地内にある、江戸初期の教会遺跡が見られる資料館。サント・ドミンゴ教会は、ドミニコ会のモラーレス神父によって建てられた教会。宣教活動をしていた薩摩からこの地に移転した折に、薩摩の教会堂を解体し移設。禁教令によってモラーレス神父が退去した後、壊された教会堂跡地に長崎代官末次平蔵の代官屋敷が建てられた。平成12年(2000)、小学校校舎建て替え時の発掘調査で、代官屋敷と教会の建物遺構、12万点を越す遺物を発見。現在は、遺構ゾーンや展示室ゾーンなど4つのゾーンで、石組地下室や石畳などの遺構の一部や花十字紋瓦や陶磁器などの出土品を見学できる。