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開館以来の各分野にわたる収集資料数は3万点以上。ホール正面の狛坂磨崖仏(複製品)は訪れる人を圧倒する。通史展示は、考古・美術工芸・歴史・民俗など各分野から時代を追って紹介。「いつ行っても同じではない、すこしずつ生まれ変わってゆく展示」を目指し開催。敷地内の移築民家旧中島家住宅は、週末にカマドに火が入り、竹を使って吹き起こす体験が可能。カマドの暖かさやにおいが感じられ、竹馬や昔の遊びも体験できる。かまどでご飯を炊く体験もある(要問合せ)。
琵琶湖が一望できる展望ロビーがあり、展示室には膳所城や近江大津宮、大津宿などの臨場感あふれる模型がある。ほかに大津絵や浮世絵師・歌川広重の近江八景も展示。ビデオコーナーでは、ありし日の江若鉄道の映像などが楽しめる。所要40分。
ゲンジボタルを中心に、ホタルに関する展示のほか、市内で観察できる生き物の展示も行っている。5月中旬から6月上旬には、同施設のほたる河川でゲンジボタルの飛翔を見ることができる。
大津京を開いた天智天皇を祭神とし、大津京跡隣接地に鎮座。約20万平方mの境内には、朱塗りの楼門のほか、昭和造や近江造と称される拝殿、本殿が立ち並ぶ。また楼門を入った左手には、漏刻[ろうこく](水時計)を設けて初めて時刻制度を確立した天智天皇にちなんで造られた、時計館宝物館や、漏刻、日時計などもある。百人一首かるた名人戦などかるたの聖地としても知られる。建物の多くは登録有形文化財に指定されている。天智天皇が困難な中で日本の運命を開いていかれたことから、開運の神と崇敬されている。
琵琶湖から流れ出る川は瀬田川だけ。瀬田川洗堰は琵琶湖から流す水の量を調節して洪水を防いだり、暮らしに必要な水を流している。アクア琵琶ではその調節の仕組みを映像やゲームで楽しく学ぶことができる。
「湖と人間」をテーマに、琵琶湖の全てを体感し、家族で楽しみながら学べる「体験型」の博物館。淡水の生き物の展示としては日本最大級の水族展示。空中遊歩道「樹冠トレイル」からは樹木の間の昆虫や植物の観察ができる。琵琶湖に向かう景色も必見。かつて琵琶湖のほとりにいた生きものの化石や骨格標本、湖上交通の主役だった丸子船の実物など、迫力ある展示を新しくリニューアルして、令和2年(2020)7月にグランドオープン予定。
江戸時代には、「京立ち石部泊り」といわれ、東海道五十三次の宿場町として賑わった石部宿。入口にあたる関所を抜けると、石畳沿いに茅葺屋根の民家や茶店、商家、旅籠などが立ち並ぶ。建物内には、井戸やかまどなど使われていた生活道具も展示され、当時の生活の一端をうかがい知ることができる。街道の歴史を紹介する東海道石部歴史民俗資料館も併設。
展示ホールは、琵琶湖の自然と環境をテーマに、多角的に琵琶湖について紹介している。また、科学の不思議や面白さを体験できる展示物を多数用意している。土・日曜、祝日はミニ実験「わくわくサイエンス」や「さわれる地球」の体験もあるので、子供も飽きずに遊べる。プラネタリウムも好評だ。
湖国三大祭のひとつである大津祭を紹介する展示館。曳山「西王母山[せいおうぼざん]」の実物大模型は迫力満点。また宵宮と本祭の絢爛豪華な曳山巡行の様子を大画面で鑑賞できるほか、1カ月におよぶ大津祭の行事や全13基の曳山のからくりも映像で見ることができる。2階展示室では実物の曳山飾りを展示。お囃子体験コーナーもある。
武将・太田道灌を祖先にもつ太田家が廃藩後に始めた酒造。2階には道灌をはじめ、草津宿で要職を務めた太田家の資料などを展示するなど、趣のある酒蔵の見学や試飲もできる。清酒「道灌」などの日本酒はもちろん、ワイン、焼酎も販売。
