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展示ホールは、琵琶湖の自然と環境をテーマに、多角的に琵琶湖について紹介している。また、科学の不思議や面白さを体験できる展示物を多数用意している。土・日曜、祝日はミニ実験「わくわくサイエンス」や「さわれる地球」の体験もあるので、子供も飽きずに遊べる。プラネタリウムも好評だ。
琵琶湖が一望できる展望ロビーがあり、展示室には膳所城や近江大津宮、大津宿などの臨場感あふれる模型がある。ほかに大津絵や浮世絵師・歌川広重の近江八景も展示。ビデオコーナーでは、ありし日の江若鉄道の映像などが楽しめる。所要40分。
大津京を開いた天智天皇を祭神とし、大津京跡隣接地に鎮座。約20万平方mの境内には、朱塗りの楼門のほか、昭和造や近江造と称される拝殿、本殿が立ち並ぶ。また楼門を入った左手には、漏刻[ろうこく](水時計)を設けて初めて時刻制度を確立した天智天皇にちなんで造られた、時計館宝物館や、漏刻、日時計などもある。百人一首かるた名人戦などかるたの聖地としても知られる。建物の多くは登録有形文化財に指定されている。天智天皇が困難な中で日本の運命を開いていかれたことから、開運の神と崇敬されている。
湖国三大祭のひとつである大津祭を紹介する展示館。曳山「西王母山[せいおうぼざん]」の実物大模型は迫力満点。また宵宮と本祭の絢爛豪華な曳山巡行の様子を大画面で鑑賞できるほか、1カ月におよぶ大津祭の行事や全13基の曳山のからくりも映像で見ることができる。2階展示室では実物の曳山飾りを展示。お囃子体験コーナーもある。
甲賀流忍者甲賀五十三家の筆頭格「望月出雲守」の住居として元禄年間に建てられた建物。忍者自身のからくりのある住居として、日本で唯一現存する歴史的に価値のある本物の忍術屋敷。内部には、人間心理をうまくついたからくりが多く施され、甲賀忍術の奥義を記した甲賀流伝書、手裏剣等、さまざまな武器道具類が展示されている。戦乱の世に実在した忍者たち、その真の世界を本物の忍術屋敷で体感してみよう。からくりをあやつったり、鉄製の手裏剣投げどの忍者体験もできる。
江戸時代からの地場産業である八幡瓦。かつて、八幡堀には数十軒の瓦工場が軒を連ねたという。ここでは八幡瓦を中心に、日本各地や世界の瓦を展示。風土に適した瓦の美しさなどを紹介している。工房では瓦粘土を使った制作体験(料金：1000円～、時間：9～15時、所要：1時間～1時間30分、要予約)も可。白壁土蔵造の建物自体にも、2万4000枚の八幡瓦が葺かれている。所要30分。
江戸中期、朝鮮半島との外交や貿易に尽力した高月町出身の儒学者・雨森芳洲の業績を顕彰するため、芳洲の生家跡に建てられた雨森芳洲庵。芳洲の著作物(複製品)などを展示している。所要20分。
ゲンジボタルを中心に、ホタルに関する展示のほか、市内で観察できる生き物の展示も行っている。5月中旬から6月上旬には、同施設のほたる河川でゲンジボタルの飛翔を見ることができる。
中山道沿いにある歴史資料館。柏原宿は江戸から数えて60番目の宿場。その街道沿いに大正6年(1917)築の古民家を改修し造られた。国の登録有形文化財に指定されている。柏原宿には、江戸時代の宿場の面影を伝える伝統的な建造物が良好に残るとともに、江戸時代から伝来する宿場資料が豊かに伝えられている。その質と量は、中山道67宿でも屈指を誇り、これらの資料を柏原宿歴史館で順次公開している。
三成が生まれた屋敷跡に立つ石田会館には、三成の生涯を描いた絵巻パネルや関連パネルを展示。前庭には三成の銅像、堀跡とされる治部池などがある。
