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「宮古の自然の風土」を基本テーマに、宮古島の歴史、民俗、自然、美術工芸資料を展示している博物館。第一展示室の歴史・民俗部門では、宮古の先史時代から太平洋戦争までの歴史を紹介。また、民俗行事や古い民家などをレプリカやジオラマを使って再現。第二展示室の自然・美術工芸部門では、宮古の自然をはじめ、旧家収蔵品や宮古の風土から生まれた宮古上布などを展示。宮古ならではの企画展も年に3～4回行なわれる。所要30分。
北緯24度の石垣島には、国立天文台の観測研究施設の一つである石垣島天文台があり、一般公開を行っている。土・日曜、祝日の夜に行われる、九州・沖縄で最大のむりかぶし望遠鏡を使った天体観望会(要電話予約)は好評だ。
NPO法人日本ウミガメ協議会付属の研究所で、主にウミガメとサンゴの研究を行っている。黒島はアカウミガメ・アオウミガメ・タイマイの3種類のウミガメが産卵に来る珍しい地域で、産卵場所の保護にも力を入れている。黒島で見られる生き物を飼育している生物飼育室と、サンゴや貝の標本、及び島の民具を展示する資料展示室がある。
日本の最南端に位置する八重山諸島の歴史と文化を紹介している博物館。八重山上布や陶磁器などの美術工芸品、民具類をはじめ、琉球王府時代の古文書、南方から漂着したくり舟など八重山ならではの文物が約2万点収蔵され、約600点の資料を展示している。所要30分。
ドイツの風情と宮古島の自然が調和したリゾート施設。ドイツの古城マルクスブルクを再現した博愛記念館には、ロベルトソン号遭難の資料や、美術品が展示され、城内の展望室からは眼下に広がる海が眺められる。キンダーハウスはドイツのおもちゃや本物のベルリンの壁を展示。人気の水中観光船(料金：2000円)は色とりどりのサンゴ礁や熱帯魚等、美しい宮古の海の景色を楽しめる。
島に伝わる民俗資料を展示した郷土資料館。島の人の衣・食・住を柱に、農耕具や漁具、葬送、祭祀に関するものなどが展示され、昔からの暮らしぶりを伺い知ることができる。毎年旧暦の8月に行われる豊年祭、旧暦8月8日に開催する八月踊り(重要無形民俗文化財)の衣装や獅子頭、古くから神への信仰を表す行事のスツウプナカに使用された祭祀道具の展示は歴史的価値の高い資料。
イリオモテヤマネコの保護活動の拠点となる施設。ヤマネコをはじめとする野生生物や西表島の自然について知ってもらうための展示やヤマネコのDVDを放映。時間がある場合はヤマネコ検定に挑戦して、ヤマネコ検定認定証を手に入れよう。
ウミガメは世界的に絶滅の危機にさらされている稀少な生き物。ここでは生きたウミガメを間近に見ることができる。館内の大水槽には大きなアオウミガメやアカウミガメ・タイマイがゆったりと優雅に泳いでいる。オリジナルTシャツやウミガメグッズが豊富に取り揃えてあるショップや久米島周辺に生息する貝の標本展示もある。
宮古島の貝はもちろん、6000種にもおよぶ世界の珍しい貝を集めた博物館。入口を入るとすぐ目に入る巨大なオオジャコガイをはじめ、館内にはタカラガイ・ホラガイ・ヒオウギガイといった色も形もさまざまな貝が展示されている。隣接する「レストラン海宝」では、雄大な景観を一望しながら食事が楽しめる。貝細工体験コーナーあり。所要30～60分。ペット同伴の入館については要問合せ。
